廢水處理菌種包括硝化細菌和反硝化細菌。
1. 硝化細菌是一種好氧細菌，如亞硝酸細菌和亞硝酸細菌，它們生活在好氧水或沙子中，在氮循環水凈化過程中起著重要作用。硝化細菌廣泛存在于自然、空氣、河流、海洋和土壤的每個角落，研究發現的硝化菌種有幾千種之多。其主要作用是去除氨氮和降解部分COD，有效的去除氨氮使得出水能夠達到排放標準。
2. 反硝化細菌是一種引起反硝化作用的細菌，大多數是異質和兼性厭氧細菌，如反硝化細菌和葡萄球菌。在氙氣條件下，它們使用硝酸氧化有機化合物來獲得自存活動所需的能量。反硝化細菌廣泛分布在土壤和污水中，可以將硝態氮轉化為氮，而不是氨氮。主要用于景觀水管理、城市河流管理、水產養殖處理等污水處理。
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